Para garantir a segurança dos usuários e trabalhadores do sistema Ferry-Boat, em face à pandemia de coronavírus, as embarcações que fazem a travessia Salvador/Bom Despacho estão sendo higienizadas diariamente. De acordo com a Agência Estadual de Regulação de Serviços Públicos de Energia, Transportes e Comunicações da Bahia (Agerba), o processo de higienização é feito no intervalo entre a viagens das 14h às 18h. A limpeza é feita em todas as embarcações que estão na operação do dia.